Dit thema behelst de projecten die als doel hebben de ecologie in het Waddengebied te herstellen en versterken.
Dit thema is bedoeld voor projecten die de verstoring van het Waddengebied door licht en geluid moeten tegengaan of de kwaliteit van water en bodem moeten verbeteren.
Het thema WCL is er voor projecten die landschapsontwikkeling bevorderen en cultuurhistorisch erfgoed versterken.
Het thema Duurzame recreatie en duurzaam toerisme is bedoeld voor projecten die de beleefbaarheid van het Waddengebied moeten verbeteren en de toeristische sector moeten verduurzamen.
Het thema ‘Verduurzaming energiehuishouding’ is bedoeld voor projecten die de infrastructuur en productie van duurzame energie verbeteren en leiden tot innovaties in de energiebesparing.
Het thema Duurzame Waddenhavens moet de ecologische impact van havens verkleinen en de industriële en logistieke activiteiten verduurzamen.
Dit thema heeft betrekking op projecten die visserij- en verwerkingstechnieken moeten verduurzamen en die de Waddenbodem moeten beschermen.
Het thema Duurzame landbouw is voor projecten die innoveren op het gebied van duurzame landbouw.
Voor kleinschalige vernieuwende initiatieven die bijdragen aan de vitaliteit van lokale gemeenschappen heeft het Waddenfonds het Budget Lokale Innovaties.
